五月初八ri，护龙军乘大雾夜渡长江，次ri克镇江。

南明沿江守军皆溃。总兵郑鸿逵、郑彩部水师东遁入海，退回福建。十四ri，护龙军自镇江南下丹阳，西趋句容，直抵南京城下。大明摄政王二年（1645）五月十五ri大臣赵之龙、王锋、钱谦益等献南京城投降,护龙军占领南京。

二十二ri，护龙军俘获逃奔芜湖的弘光帝朱由崧。至此，弘光政权亡。南明先后归降者共计马步兵23.8万人。二十四ri，冉义抵南京。

六月初五ri，大明摄政王龙辰诏令下达江南各处，安稳江南民心，并继续抚剿江南未下城邑。

护龙军自常州、无锡直取苏州，十三ri进入杭州。基本平定了江南各部，之后，冉义部重新整合，在江南进行休整，随时准备投入接下来的战事。

大明摄政王三年八月，大明摄政王龙辰命孔有德为平南大将军，率部进攻湖广和广东。十月，大明摄政王龙辰又命佟养甲、李成栋领兵由闽南攻广东。

十一月间，在广东建立了两个南明政权：桂王朱由榔在肇庆称帝，年号永历；唐王朱聿钅粤称监国于广州，年号绍武。二者互争正统，相煎火并。护龙军将领佟养甲、李成栋军乘南明内讧，于十一月下chao州(今广东chao安)、惠州，十二月攻入广州。绍武政权仅存在41天，便遭覆亡。于是，孔有德、李成栋两路大军合攻永历政权。大明摄政王四年(1647年)正月，李成栋军攻占肇庆，连下高、雷、廉三州，尾追朱由榔入广西，攻取梧州。孔有德军于三月攻占长沙，继而连下衡州(今衡阳)、宝庆(今邵阳)、桂阳、武岗、沅州(今芷江)、辰州(今沅陵)等地，占领湖南，并进军广西。

五月，孔有德军进攻桂林，被瞿式耜、焦琏统南明守军击败。十一月，孔有德军又于全州被南明何腾蛟、瞿式耜击败，退回湖南。

李成栋军攻广西亦受挫，退回广东。时大顺农民军余部李过、郝摇旗等与南明联合抗击护龙军，军势大振。

大明摄政王五年(1648年)，江西提督金声桓、广东提督李成栋、大同总兵姜壤，先后反叛护龙军归南明，更振南明声势。

护龙军失去赣、粤、晋诸省，朝廷震动。

大明摄政王龙辰令定南王孔有德军于湖广积极动作，并以李九成定远大将军，统兵往湖广，协孔有德部；命吴三桂自锦州移镇汉中，活动于陕川，以为策应；命耿jing忠、尚可喜率所部兵各两万，往征广东；同时，命将分路征剿叛军。为征金声桓，大明摄政王龙辰命谭泰为征南大将军，同何洛会、刘良佐等征江西。该部克九江、饶州(今饶阳)，围南昌孤城凡六个月，至大明摄政王六年(1649年)正月，用红衣大炮破城，金声桓死。

同月，护龙军攻占湘潭，擒杀明东阁大学士何腾蛟，衡、永、宝、郴等州下。

二月，护龙军突袭江西信丰之李成栋营，李成栋死。

赣、湘失而复得。

对姜壤，赵一名先统兵围大同。随之，大明摄政王龙辰调祖宽部急援大同；六年正月，命大军先讨汾州，后围大同。

四月，复遣诸路援军前往大同。其间，龙辰两次亲往大同，多次谕降大同叛军；

八月，叛军内讧，护龙军入城。山西复平。

广西方面，大明摄政王六年十二月李九成所部先败三路攻全州之南明军，再败道州之南明军，于大明摄政王七年(1650年)正月班师回京。

孔有德军至七年四月间征战于湖南，先后于衡州、永州、武岗、龙虎关战胜南明军。

十一月入严关，攻克桂林。八年(1651年)十二月取宾州(今宾阳)、南宁。广东方向，耿仲明、尚可喜部于六年九月至吉安，后由南雄入广东。在围困广州十个月后，于七年十一月攻陷广州。八年，下肇庆，复雷、廉、chao、惠等府。两广悉平。陕川方面，吴三桂部先下陕西延安、榆林、保安诸城，大明摄政王九年(1652年)二月入川，战胜大西军白文选部，入成都，下嘉定，取chong qing。在护龙军进展顺利，节节取胜之际，大西农民军余部，在孙可望、李定国等率领下，积极经营云贵数年，力量壮大。九年初，孙可望迎永历帝于云南府，挟天子以令诸侯。

南明军势复振。三月，孙可望命两路出师，争夺广西、四川。以李定国、冯双礼率兵8万，出湖广，由武岗、全州趋桂林；以刘文秀、卫复臣率兵6万，出川南，由叙州、chong qing进围成都。六月，孔有德迎战李定国部于大榕江，迫于其象阵，退守桂林。七月，桂林被李定国部攻破，孔有战败突围受伤。

大明摄政王龙辰急调自己十七岁的长子龙傲为定远大将军，往征广西以援耿、尚部；命吴三桂部于四川阻止南明。

十一月龙辰又命孙承宗之孙，自己的义子孙建功为靖南将军率军增援广东，以防李定国部东进。

二十三ri，定远大将军龙傲率师15万，号称30万，进攻衡州，误中李定国伏，结果龙傲率部死战，最终率军反击成功，击败了李定国部，挫败了李定国的埋伏。

大明摄政王十年(1653年)五月，龙辰派洪承畴经略湖广、云、贵等省，制定了先安湖广，后平云贵，严防重镇，互为犄角的方略。

护龙军趁南明严重内讧之机，于大明摄政王十二年(1655年)重新控制湖广。