11日，日军的进攻重点转向中华门外的雨花台。负责防守雨花台的是右翼阵地88师262旅和左翼阵地88师264旅。从9日到11日，雨花台阵地不断受到日军的进攻。262旅和264旅凭借地形殊死抵抗，寸土未失。日寇的进攻在11日达到最激烈的程度。日军的攻势在源源不断的增援下丝毫未减，雨花台守军的伤亡越来越大。262旅旅长朱赤少将和264旅旅长高致嵩少将手中再也没有一兵一卒可供投入战斗，而且他们没有任何援军。战斗进行到12日凌晨，伤亡惨重的守军依然牢牢控制着雨花台。日军暂停了进攻，调集重炮和飞机轰炸262旅阵地。炮火越来越密集，山上的工事在轰炸中成为废墟，坚守山岗的262旅将士们一批批阵亡。炮声停止后，蜂拥而上的日军步兵再也没遇到抵抗。守军262旅全军覆没，旅长朱赤少将殉国，年37岁。此时?264旅的坚守更加艰难。日军在炮火的支援下已冲上阵地，与守军短兵相接。混战持续到下午，枪声和喊杀声逐渐停息。264旅阵地失守，旅长高致嵩少将阵亡，年39岁。

雨花台失守，日军取得了制高点，继续向中华门进攻。至12日，守军74军51师302团团长程智殉国。但中华门守军依然死战不退。下午5时许，南京卫戍司令长官部召集各军师长开会，司令长官唐生智下令撤退。撤退令下达后，各军师长大多未回部队，只是打电话将命令下达后就各自跑掉。失去了指挥的撤退转瞬间就成了溃退。守军各部纷纷退向挹江门，形势大乱。

清凉山宪兵指挥部，宪兵副司令兼首都警察厅厅长肖山令少将命令分散在各处的宪兵、警察部队集结撤退，身边只留下宪兵教导团的两个营维持撤退秩序。等到肖山令完成撤退的善后工作到达江边时已是深夜。此时，还有成千上万的士兵在望江兴叹。肖山令果断命令大家寻找一切可利用的东西，迅速过江。在他的指挥下，散兵们扎起木筏开始渡江。突然，中山大道上响起了密集的枪声，日军已追了上来。肖山令见敌军来势凶猛，便指挥未过江的散兵向两侧撤退，自己亲率宪兵掩护。最终殉国。年45岁。

战斗结束

在大多数部队溃退之时，紫金山教导总队阵地依然战斗激烈，光华门上第二团仍然在竭力反击。当撤退令下达到第二团时已是13日凌晨。教导总队立即奉命转移。伤病交加的谢承瑞团长就在此时牺牲在阵地上。年33岁。

此战，中国军队以10万之众浴血奋战，英勇地反击了日本侵略军。但日军以8个师的兵力分兵进逼，使守军处于三面被围。背水一战的不利地位，再加上军事当局在组织指挥上采取消极防御，使守军处处设防被动挨打，最后决定突围又未拟定周密计划，致使大量部队困于城内，惨遭日军杀戮。

作战中，中国军队伤亡约5万余人。

影响

日军于1937年12月13日攻陷南京之后，在南京城区及郊区对平民和战俘进行长达6个星期的大规模屠杀、抢掠、强奸等战争罪行。有关南京大屠杀的死亡人数国际法庭认定至少20万以上，中国学者考证为30万以上。分析南京保卫战的资料可以发现，国民党军队真正在战斗中阵亡的不多。多数死于混乱的撤退中以及日军的大屠杀中。