日本此时并不清楚英美两国为了对付大和级而抽调如此众多的兵力，但由于南太平洋战事的发展，同样有一系列军舰的命运发生了走向改变：中了5条鱼雷的大和号在拉包尔匆匆忙忙补给后在3条驱逐舰的陪同下离开本队返回国内修理，已正式服役的武藏号则准备从本土出发赴新加坡并准备担当联合舰队新旗舰；由于扶桑号沉没，堀悌吉干脆让速度偏慢的山城号脱离第2舰队加入第8舰队作战序列，并要求第8舰队留守部队负责维持兵力已大大减少的南太平洋治安（可怜的三川军一）；由于第2舰队战列舰只剩下三条（长门、陆奥与武藏），考虑印度洋攻略兵力不够，在他的强烈要求下，原本打算改建为航空战列舰的伊势、日向两舰取消后续改建任务，与武藏号一起紧急支援并编入第2舰队。

日向号在5月份中因炮击训练事故爆炸的5号炮塔此时依然还是被炸坏的，由于没时间维修只能匆匆拆下炮塔在开口处盖上钢板上面加装新型25mm三联机关炮草草上阵，不过这几个月伊势级两舰也不是什么好处都没捞到，日向号在参加阿留申战役前试验安装了22号对海警戒电探，归国时遇到恶劣天气仍然一直为舰队保持正确航路，松田千秋舰长对此竭力鼓吹，而伊势号则试验安装了21号对空警戒电探，效果据说也不错。因此两舰在离开本土前将21、22号电探全部安装完毕，整个联合舰队几百艘军舰唯有这两艘老舰捞到了这种实惠。

南太平洋海战胜利对日本海军后续发展的冲击是全方面的：鉴于大和号在这次作战中的出色表现，原本已设计好准备将大和级第3舰（信浓号）拿去改建航母的方案一下子没人说了，反而一个个转变立场主张继续按战列舰建成，连山本五十六和堀悌吉都持这种主张，而且希望能在1944年6月底前建成，因此原本应该停工改建的信浓号工程不但没停止，还快马加鞭地抓紧建设起来；千代田号、千岁号两艘水上飞机母舰预备改建为轻型航母，但此次战役中水上侦察飞机先敌发现对整个战役具有重要意义，使拥有24架水上飞机且能额外多提供1000吨燃油的两舰一下子突显了出对舰队作战的价值，海军省最终也放弃了改建想法；伊吹号是改铃谷级重巡洋舰的其中一艘，本也打算改建为航空母舰，因为重巡洋舰的价值不小且最近几个月的瓜岛战役连续损失了3条青叶/古鹰级重巡，因此索性放弃改建任务，继续按重巡目标建成。

放弃大量改建任务在海军省内部并不是没有阻力，但机动舰队司令官冢原二四三的态度很明确，现在最缺合格的航母飞行员和优秀舰载机，别到时候弄出一堆航母没飞机或没飞行员就麻烦了，对这种务实的态度霍夫曼私下表示了赞赏——历史上日本在马里亚纳战役中空有不少航母，结果根本没有载机可用，辛辛苦苦建出来的航母最后全变成了诱饵，不得不说是巨大的讽刺。

对联合舰队而言，航母毕竟还是十分急需的，在一系列半路出家的改建计划取消后，原准备用于改建航母的材料就有了富裕，同时基于航母的巨大价值，海军省对正规航母云龙级的建造迫切度便大幅度提高，所有物资一律优先保证，因此云龙、天城、葛城三舰的建造速度开始提速，按军令部的想法最好1943年底可以服役。为加快进度，一帮人为此绞尽脑汁，由于云龙级的图纸已送给德国方面参考，船政本部有人突发奇想地认为可以委托德国方面进行构件制造并准备在印度洋战役后运回安装。接洽之后霍夫曼也表示认可，因为德国也准备以云龙级为母版在意大利船厂开工新航母，双方一拍即合。按照日德双方约定，这种成品构件按日德协议中特种钢材3：1比例折算（即德国按特种钢材三分之一吨位提供构件即可）。双方算盘都打得很好——对日本而言，这是白捡回来的，对德国而言本就是答应提供给日本的，提供成品不但减少了特种钢材消耗还积累了制造经验，万一日本最后不要也没事，自己可以用。